وكذلك هناك آثار قبور للمسلمین ومعالم تأریخیة أخری تکشف  عن أن المذهب الشیعی له تأریخ عریق في أندونیسیا وكان هناك تواجد للشيعة منذ القرن الرابع للهجرة على الأقل.

وفي هذا الاطار، قد قام خریجوا الحوزة العلمیة بمدينة “قم” المقدسة بنشر وتبیین تعالیم المذهب الشیعي في أندونيسيا، وتعریف أهل السنة علی تلك التعالیم ما أدّی الی إنتشار واسع للمذهب الشیعی هناك.